Un certain nombre de militants décideront de ne se rallier à aucun des deux camps et de créer un mouvement syndical Autonome, d'essence uniquement professionnel, sans esprit partisan et s'interdisant de définir ses revendications par rapport à des partis politiques ou à des doctrines philosophiques. Ces organisations syndicales connaissent un réel succès, notamment dans la Fonction publique.
Très rapidement, les organisations syndicales Autonomes de la Fonction publique, de fibre corporatiste, ont éprouvé le besoin de dépasser le cadre étroit de leurs métiers pour aborder la défense plus large des droits de leurs mandants.
C'est ainsi qu'est née au mois de juin 1949 la Fédération Générale Autonome des Fonctionnaires (FGAF). Consciente dès cette date de l'intérêt pour les travailleurs de s'unir pour se défendre, la FGAF inscrit dans ses statuts l'objectif de réunifier le mouvement syndical français dans le cadre des valeurs qui sont les siennes, particulièrement les valeurs de l'autonomie.
La FA-FPT est un syndicat professionnel, régi par le Titre premier du Livre IV du Code du Travail. Ses adhérents sont issus de la Fonction publique territoriale, agents actifs et retraités des collectivités locales et de leurs établissements publics, des OPAC et du CNFPT, ainsi que des fonctionnaires en détachement dans les services publics concédés. Elle accueille en son sein des unions de syndicats de métiers spécifiques, tels la Fédération Autonome des Sapeurs-Pompiers Professionnels & Personnels Administratifs, Techniques et Spécialisés des services départementaux d’incendie et de secours (FA-SPP / PATS) et le Syndicat National des Personnels Techniques de l’Éducation (SNPTE) regroupant les personnels de l’Éducation nationale touchés par la décentralisation. Les salariés de droit privé effectuant des missions de service public peuvent également y adhérer.
La FA-FPT a pour buts, entre autres :